Les découvertes extraordinaires de Stanislav DUSKO EHRLICH de l'INRA et son équipe

La révolution du microbiome Je souhaite rendre hommage à ce scientifique peu connu du grand public mais qui, avec les découvertes de Mickael GERSHON (l'intestin, notre deuxième cerveau), a complètement révolutionné à notre conception des fonctions intestinales, et prouvé la suprématie de nos microbiotes sur notre vie.

Alors que Mickael GERSHON a été ridiculisé pour ses découvertes pendant 2 années par ses confrères médecins et que Stanislav DUSKO EHRLICH n'est pas médecin mais microbiologiste, ils sont en train d'ébranler les fondations dogmatiques et pasteuriennes de la Médecine.

Celle-ci doit mettre en œuvre des trésors d'ingéniosité et sans cesse innover pour soigner efficacement les maladies chroniques depuis plusieurs décennies (y compris le cancer), qu'elle a pour certaines qualifié de psychosomatique.

Les microbiologistes disent que toutes ces maladies de civilisation proviennent du microbiote, alors que par ses dogmes pasteuriens, la Médecine a souvent martyrisé par l'automatisme des prescriptions d'antibiotiques ce nouvel et super-organe.

Certes, ces scientifiques ont constitué des équipes et tout le mérite ne leur revient pas, loin de là, mais ils ont été inspiré des idées révolutionnaires qui ont déclenché des recherches fructueuses.

Définition de la métagénomique  : l'analyse de l'ensemble des gênes des micro-organismes comme s'ils ne faisaient partie d'aucune bactérie en particulier, (d'où le nom de microbiome, le génome de l'ensemble du microbiote), et comme si c'était un seul organe avec tout de même 150 fois plus de gènes que nos autres organes (notre génôme).

Mais cette technologie va encore plus loin, car elle permet de connaître avec précision la part de l'ADN exprimé et donc l'ensemble des métabolites produits par les bactéries, levures, virus et champignons qui compose la flore. Mais une analyse du sang devrait à priori permettre d'avoir une idée sur ceux qui seront réellement assimilés par la paroi intestinale, car certains métabolites des uns, servent de nourriture aux autres et qu'il est impossible de connaître ceux qui vont disparaître avant d'être assimilés. Cette capacité constitue à elle seule un bond en avant impressionnant pour la recherche et montre à quel point nous sommes des êtres avant tout bactériens par la nature des nutriments qui composent notre sang.

Portrait : Stanislav DUSKO EHRLICH rejoint l’Inra en 1986. Microbiologiste génomicien et chimiste, il a tout d'abord séquencé le premier génome d'une bactérie lactique et a ensuite impulsé nombre de grands projets sur le microbiome, tel que le Human Microbiome Project du NIH et le projet européen MetaHIT, qu’il a coordonné. Son approche pluridisciplinaire ouverte aux compétences complémentaires lui a permis de créer une plateforme de travail rassemblant cliniciens, génomistes, microbiologistes, informaticiens et bio-analystes au sein du projet MetaHIT.

Les résultats obtenus ont eu de grands impacts : décryptage du métagénôme intestinal (notre « deuxième génôme », pour ne pas dire notre premier), découverte des entérotypes (une classification des types de microbiotes) et mise au jour des risques accrus pour une large part de la population de développer des maladies chroniques. Il a également permis de faire avancer les techniques de séquençage en constituant l'équipe qui a mis au point certains outils de la métagénomique.

Les découvertes - Ce développement technologique s'est construit grâce au projet européen MeTaHIT, puis au projet français MetaGenoPolis. Depuis 2012, l'essaimage d'une start-up baptisée ENTEROME est chargée de mettre au point des traitements pour réparer les intestins déprimés, tant ce qu'il a découvert l'a sans doute impressionné, lui et son équipe:

- Entre 15 et 20 % des occidentaux souffriraient du Syndrome du Colon Irritable [9].

- De son point de vue : « Les maladies de civilisation ne peuvent pas être liées à une dérive du génome humain, tant leur augmentation est rapide, mais à celui du microbiote »

- Il a découvert qu'il existait 3 entérotypes (type de microbiote) dans l'humanité (les mêmes chez le chimpanzé) bien plus influents sur notre vie que les groupes sanguins tant il sont liés à un profile alimentaire marqué : baptisés "Bacteroïdes" : type carnivore, "Prevotella" : type végétarien, et "Ruminococcus" : l'un ou l'autre des types [10]

- « Un régime alimentaire plus riche en fibres, mêmes cuites (légumes, fruits) diversifie la flore qui devient plus efficace en seulement 6 semaines de régime chez des personnes obèses » [11]

- Il estime que : «les métabolites (molécules synthétisées par le microbiote) sont soit bénéfiques, soit délétères sur la santé. La dégradation des protéines, par exemple, génère un nombre important de molécules intermédiaires potentiellement toxiques pour l’hôte, si la communauté bactérienne consommatrice de ces intermédiaires n’est pas présente en quantité suffisante.» [12]

- « Chez les cancéreux, nous avons découvert des “trous” dans le répertoire de leurs bactéries intestinales ». Et il déclare : «Heureusement, une alimentation riche en polyphénols, présents dans certains fruits et légumes, pourrait aider à restaurer un microbiote bénéfique» [13]

- « Chez les personnes souffrant de cirrhose du foie, le microbiote intestinal s’est appauvri et a subi une altération massive. Une anomalie due à l’invasion de l’intestin par des bactéries de la flore buccale » [13]

- « Pour la schizophrénie et l'autisme, la piste du microbiote est la plus prometteuse » [14]

- « Quant aux antibiotiques, ils peuvent avoir l'effet inverse de celui recherché : en détruisant la flore intestinale, ils laissent le champ libre à la prolifération de bactéries pathogènes » [14]

- « La plupart de nos bactéries intestinales sont anaérobies strictes : il est impossible de reproduire in vitro les conditions de leur croissance digestive », souligne Philippe Seksik. Mais, espère-t-il, « quand on connaîtra mieux cet écosystème, on pourra développer des alternatives à la transplantation fécale, par exemple, en apportant dans l’intestin les métabolites produits par certaines bactéries bénéfiques. » [13]

Cette dernière prospective sur les métabolites confirme mes convictions sur la prédominance du "milieu" sur les bactéries et également une certaine avance dans la maîtrise de la croissance digestive in vitro par la Lactofermentation Symbiotique.

L'importance des prébiotiques

Les prébiotiques sont dans nos aliments, particulièrement dans les végétaux.  Les fibres des fruits et légumes sont celles qui nourrissent les « bonnes » bactéries intestinales et les aident à se reproduire. Ce sont des « glucides » ou sucres complexes naturels, bien différents des sucres simples ou raffinés néfastes pour la santé. Ces glucides complexes ne sont pas digérés par le tube digestif haut, mais beaucoup plus bas dans le gros intestin, particulièrement dans le côlon droit (caecum et côlon ascendant). Ils ne sont donc pas assimilés par les humains et ne sont pas source d’énergie pour nos cellules, mais bien pour les bactéries de notre flore intestinale. Il y a d’autres types de fibres, de plus petites dimensions, qui sont très importantes : les fructo-oligosaccharides (également appelés « FOS »), présents comme leur nom l’indique dans les fruits, particulièrement quand ils sont frais et de saison. Les spécialistes parlent également de l’inuline qui est un mélange de fructose et d’autres sucres simples, présents naturellement dans de nombreuses plantes. Ces fibres alimentaires sont aussi appelées « fructanes ».

Les 8 fonctions essentielles des fibres prébiotiques pour votre santé:

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